สถาบันโยคะวิชาการ มูลนิธิหมอชาวบ้าน มีภารกิจ 3 ประการ ตามลำดับความสำคัญก่อน หลัง

1 พัฒนาครูโยคะให้เป็นผู้มีความรู้ ความเข้าใจในโยคะ ซึ่งก็คือ การมีความรู้ ความเข้าใจในตนเอง และ เป็นผู้สอนโยคะที่ได้มาตรฐาน ยังประโยชน์สูงสุดให้กับผู้เรียน โดยหลีกเลี่ยงไม่ให้เกิดอันตราย

2 พัฒนาองค์ความรู้โยคะ แปลตำราดั้งเดิม ส่งเสริมให้เกิดงานวิจัยเกี่ยวกับโยคะ

3 เผยแพร่โยคะตามแนวทางตำราดั้งเดิม แก่ประชาชนผู้สนใจ

ปัจจุบัน สถาบันฯ มีเครือข่ายครูโยคะ อยู่ทั่วประเทศ ทั้งในส่วนงานสาธารณสุข เช่น เจ้าหน้าที่ในโรงพยาบาล ในสถาบันการศึกษา เช่น ครูอาจารย์ ทั้งในระดับอนุบาล ประถม มัธยม และมหาวิทยาลัย และในสถานปฏิบัติธรรม เช่น ครูโรงเรียนปริยัติธรรม ฯลฯ

สถาบันฯ จัดกิจกรรมต่างๆ อย่างสม่ำเสมอ ได้แก่ คอร์สอบรมครูโยคะ ทำงานวิชาการ โยคะเดลิเวอรี่ ที่ส่งครูไปสอนให้กับองค์กรที่สนใจเรียนโยคะ และจำหน่ายหนังสือ ผลิตภัณฑ์โยคะต่างๆ